Nouveau rapport sur la détection de pathogènes du genre Phytophthora dans les produits du bois par la génomique

FPInnovations
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Un nouveau rapport publié par FPInnovations, intitulé Detection of Phytophthora Pathogens in Wood Products Using Genomics, Part Two (Détection de pathogènes du genre Phytophtora dans les produits du bois par la génomique, deuxième partie), examine la cause de faux positifs détectés dans des échantillons témoins de pathogènes de quarantaine trouvés sur des produits du bois.

FPI 5mai22 2Résumé

Les progrès de la génomique ont amélioré grandement la détection et l’identification des pathogènes. Cependant, il reste des lacunes dans les connaissances sur son efficacité et son utilisation pour les produits du bois, en particulier dans un cadre réglementaire. Dans la première partie de ce projet, nous avons comparé l’efficacité de la détection de différentes méthodes sur des produits forestiers couramment exportés et importés. La détection in situ était plus sensible que l’isolement traditionnel, se traduisant par des taux de détection de 100 % pour certaines méthodes. Toutefois, il y a eu plusieurs faux positifs dans les échantillons témoins. La détection de faux résultats positifs pour des pathogènes de quarantaine dans les produits du bois pourrait représenter un grave problème pour le commerce.

L’objectif de la deuxième partie du projet était de déterminer la cause des faux positifs. De plus, nous avons continué à comparer les méthodes de détection en considérant la détection au point d’intervention à l’aide d’un système portatif PCRq et du dosage d’ARN pour tester la viabilité des pathogènes. Les faux positifs étaient vraisemblablement dus à une contamination de l’ADN qui persiste dans les diverses étapes de transformation du bois. Ces résultats démontrent la nécessité d’une confirmation supplémentaire de la présence ou de la viabilité du pathogène après un test d’ADN positif. Les dosages d’ARN n’ont pas permis de détecter la présence du pathogène dans la plupart des échantillons. Il faudra d’autres essais pour déterminer les conditions optimales d’extraction de l’ARN pour obtenir des résultats significatifs. La détection au point d’intervention à l’aide d’outils portatifs était comparable aux méthodes de laboratoire et serait utile pour prétester les produits quant à la présence de pathogènes de quarantaine.

La première partie et la deuxième partie peuvent toutes deux être consultées et téléchargées à partir de la bibliothèque de recherche en ligne de FPInnovations.

Pour plus d’information sur le sujet, veuillez communiquer avec Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser., Gestionnaire, Nouveaux matériaux de construction.


Source: FPInnovations